台灣高檢署檢察官侯寬仁在馬英九特別費案中及雲林土庫棄土場案中都爆發證人筆錄爭議，在法院均認定偵訊筆錄與實際情形有誤而認定無證據能力，在監察院提出調查報告後，日前法務部檢察官人事審議委員會經過激烈討論，決議對他分別作出申誡及飭令注意的處分。而對偵辦太極門案部分，檢審會認定過程有所不當，但仍然認為時效已過無法議處。
(記者 沈正/台北報導)
對侯寬仁製作筆錄不實乙案馬英九提出告訴時，總統府發言人王郁琦表示，馬英九特別費案早就三審判決無罪，之所以對侯寬仁提起訴訟，用意是保障所有被詢問人人權，因為筆錄製作如果不正確，會使被詢問人權利在訴訟過程中遭受極大傷害。「不實筆錄」是重大罪行，且涉及偽造文書之嫌，如今在各方輿論撻伐之下，高檢署僅對侯寬仁記一個申誡了事，引發民眾不滿。
太極門刑案辯護律師蔣瑞琴更是不平的表示，侯寬仁檢察官違法偵辦太極門，在91年就已經遭監察院調查確定八項重大違法，移送法務部從嚴究責議處，此案監察院既已於91年3月即對侯寬仁調查完畢並做出結論，屬於確定狀態，依法並不受公務員懲戒法十年時效之約束。蔣瑞琴質疑，91年開始法務部就可以懲處，為何遲遲拖延不追究，當時還曾表示，要等太極門案宣判之後才懲處，而太極門案96年7月13日三審無罪確定之後，法務部竟然又聲稱，追訴侯檢的時間點應從其行為時86年6月起算，因10年追究時效已過，若96年6月18日前未懲處，就無法追究，這不是法務部在想盡辦法維護侯寬仁嗎？
太極門弟子呂秋萍痛陳，法律之前，人人不平等，她以史上纏訟最久的冤案「第一銀行押匯弊案」為例，指出案件三名被告原是國家計畫栽培、前途看好的銀行主管，卻被迫大半輩子漂流在司法洪流中30年，暗夜悲泣，等到法院宣判無罪確定時，三名被告變成七十多歲的老人，然而法律追殺老百姓無止無盡，民眾被起訴後，沒有追訴時效的限制，而檢察官在法務部卻只要拖過10年就可以無罪脫身，難道中華民國的法律只提供違法官員最嚴密的官官相護嗎？！
侯寬仁歷年偵辦起訴的重大案件，皆出現相當多當事人受盡訟累折磨後獲判無罪的冤案，例如李成祿違反證交法案有7人、周人參案中更超過30人，還有羅福助詐欺案與馬英九特別費等冤案。某報社論更直言「侯寬仁」辦案三部曲為：「充滿自信地率領媒體搜索押人」、「狂操證人取得污點證詞」與「滿城風雨中英雄式地求處嫌疑人重刑」。「堂上一點硃、百姓千滴血」，民主法治時代，人權至上，執法者的作為與操守不可不以高標準來要求，侯寬仁檢察官製作不實筆錄的作為之外，其辦案方式頗受爭議，法界人士表示，如今高檢署對侯檢察官以一個申誡了事，實有官官相護之嫌，影響民眾對司法的信心。
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